Papa Gregorio IX, dopo aver proclamato santo Francesco d’Assisi, sollecita i frati a costruire una chiesa in suo onore, nella quale conservare le sue spoglie mortali. Ne benedice poi lui stesso la prima pietra nel 1228 e, due anni dopo, dispone che il corpo del santo, provvisoriamente tumulato nella chiesa di S. Giorgio, sia trasferito nel nuovo tempio cui conferisce il titolo di basilica e di madre di tutte le chiese francescane. Innocenza IV nel 1253 la consacra solennemente.