Sardo, di Sassari, dove nasce nel 1564, Francesco rimane presto orfano di padre, un modesto contadino. Infanzia normale, e in un’epoca di analfabetismo diffuso riceve una certa istruzione dai francescani conventuali di S. Maria di Betlem. Frequentando i frati, matura la vocazione alla vita religiosa. Ordinato sacerdote, si divide tra apostolato e servizio ai confratelli della comunità. Nel 1590, un cugino viene fatto schiavo dai corsari turchi e condotto ad Algeri. Il pensiero del cugino prigioniero dei corsari lo tormenta per otto anni, fino a quando, aiutato dai padri Mercedari, deputati a ciò, e con la benedizione di Clemente VIII, riesce a raccogliere la cifra necessaria per il suo riscatto. Così, nella primavera del 1602, pieno di trepidazione e di speranza, parte per Algeri, avendo per compagno di viaggio fra Matteo de Aguirre. In realtà, il confratello è un emissario del re di Spagna Filippo III, nell’ambito della guerra in atto tra Algeri e il re di Cuco, sostenuto dagli spagnoli. Una storia nella quale padre Francesco si trova suo malgrado impigliato e che rende estremamente problematica la liberazione del cugino e segna alla fine anche la sua vita. Tradito, è fatto prigioniero e condotto ad Algeri nelle carceri del pascià Solimano, che stabilisce la cifra del suo riscatto in tremila ducati d’oro. Ma il Gran Consiglio di Algeri, ignorando le richieste di Solimano, ne decreta la morte: sarà scorticato vivo, a meno che non rinneghi la sua fede. Proposta rifiutata. La sentenza viene seguita il 25 gennaio 1603.